一是手术切除。
切除术是一种较为常见的手术治疗方法，更适合肝囊肿病人进行治疗，因为肝囊肿病人在早期没有压迫组织和神经，而且囊肿体积较小，手术切除后也不会对身体造成很大影响，更适合早期病人进行治疗。但肝囊肿发展到晚期，占有较大的比例，随意切除可引起动脉出血，因此不能随意切除。
二是营养支持治疗。
对症状不明显，且病人体征正常的病人，会选择营养支持治疗，营养支持治疗，主要是帮助病人控制当前症状，或对无症状病人进行身体调节。一般营养支持治疗可选用补充营养的药物或保健品，所以支持治疗不会对病人造成很大的副作用。
三是药物治疗。
药物治疗是肝囊肿的早期对症治疗，因为早期肝囊肿影响肝功能时会引起一系列不良反应，所以可以选择药物治疗这些不良反应。可以选择保护肝脏的药物来调节肝功能，也可以选择一些抗炎药物来缓解肝脏的问题。
四是抗感染药物。
肝囊肿合并病毒性肝炎在临床上较为常见，是由于肝囊肿在早期影响肝功能，降低肝抵抗力，因此接触肝炎病毒后，患病毒性肝炎的可能性较大。抗感染药物是帮助肝囊肿患者预防病毒性肝炎的治疗方法，对早期感染肝炎病毒的患者也有较好的疗效。
五是中药治疗。
对中医学而言，肝囊肿是一种结节病变，可以用中药调理，一般是肝气郁结引起的，所以选择一些疏肝理气的药物可以帮助肝囊肿患者恢复。
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